何谓“漕运”？水运也。明清之际，由沿海省份征收米石，沿水路运河直达北京，故称“漕粮”。因其重要，故自明代起，设漕运总督官职，专司漕运。清朝入主中原，亦靠漕运。亦沿明制设漕运总督。该官品秩为正二品，如兼兵部侍郎（类今国防部副部长）或都察院右副都御史（类今监察部副部长）衔，则为从一品。乾隆十年后，都察院不设专员，御史规定由巡抚、河道总督、漕运总督兼衔。 

漕运总督权威重，有亲辖武装部队，还有水师营。仿地方总督、巡抚之“督标”、“抚标”，而称之为“漕标”。今据《光绪会典》载：漕运总督所亲辖“漕标”共分本标左、中、右、城守、水师七营，兵额3400余人。辖制武职官佐，最高为从二品的副将。并节制鲁、豫、苏、徽、赣、浙、鄂、湘八省漕粮卫、所（因上述八省漕粮归漕运总督管辖，其余省份粮务归地方总督、巡抚）。 

 漕运总督设衙门，非今人所想象称“总督衙门”，而称“总漕部院衙门”，衙址设于江苏淮安。总督按清代官场规矩，尊称“漕台”。因其领兵，故又尊称为“漕帅”。又因兼兵部侍郎及都察院右副都御史衔，故出行仪仗、官衔灯笼署“总漕部院”。沿海收粮起运、漕船北进、视察调度、弹压运送等，均需总督亲稽。每年漕船北上过津后，循例要入觐皇帝，汇报漕粮完成诸事。咸丰年间因战事频仍，咸丰皇帝特令漕运总督节制江北镇、道，咸丰十年裁撤江南河道总督，其河工调遣、督护及守汛、防险事务，均由漕标部队兼管，这是漕运总督权威最重之际。漕运总督不受部院节制，向皇帝负责，可专折奏事。直到光绪三十年河运全停，漕运总督才被裁撤。

漕运总督节制八省漕粮，于每省设负责漕运的督粮道（又称“粮储道”），正四品。督粮道职责是监稽收粮、督押粮船，直驰山东临清，待山东粮道盘验结束回任。山东粮道须待最后一次粮船抵通州才告回任。最后一次粮船按规定由漕运总督亲押至通州，并向皇帝述职后才可回任。

为监督漕运，明代还专设巡漕御史，负监察之责，权力极大，不受漕运总督节制，直接向皇帝负责，有权弹劾总督。清代亦仿明制，设巡漕御史四人，分赴稽查，襄办漕务。品秩不高，但职权令人忌惮，可风闻专折密奏。相比较费力不讨好的河道总督，漕运总督在明、清两代可属肥差，又因与绅粮大户、漕帮（青帮）密切，故内幕甚多。

漕运总督在清代为一、二品大员。帽饰红宝石（二品为珊瑚），蟒袍为九蟒五爪（二品同），仙鹤补服（二品为锦鸡）。收入并不高，岁俸银仅180两（二品155两）。年养廉银为15000两至30000两左右（二品20000两以下）。

唐、宋、元、明、清历代均重视漕运，为此，疏通了南粮北调所需的网道，建立了漕运仓储制度。漕运保证了京师和北方军民所需粮食，有利于国家统一，并因运粮兼带商货，有利于沟通南北经济和商品流通。